南京大屠杀纪念馆分一、展览集会区；二、遗址悼念区；三、和平公园区；四、馆藏交流区4个功能性区域。侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆位于南京市建邺区水西门大街418号，通称江东门纪念馆。

一、展览集会区

该区分为史料陈列厅和集会广场。史料陈列陈列展示基本陈列和专题陈列。集会广场上有主题雕塑—冤魂呐喊、标志碑、灾难之墙、和平大钟，每年的12月13日，人们都会在这里集会，公祭遇难同胞，撞响和平大钟，发表和平宣言。

二、遗址悼念区

该区包括“古城的灾难”大型组合雕塑、“历史证人的脚印”铜版路、《狂雪》诗碑墙、石壁墙与邓小平手写馆名、墓地广场、浮雕《劫难》《屠杀》《祭奠》、“母亲的呼唤”立雕、“万人坑”遗址陈列和悼念广场祭场、冥思厅等。

三、和平公园区

该区以和平为主题，是世界各国人民进行和平交流的重要场所。包含胜利之墙、和平公园、汉白玉雕塑《和平》、紫金草花园、日本友人植树林等。

四、馆藏交流区

该区是寓馆藏、交流、办公为一体的综合功能区域，其主要设施有学术报告厅、图书馆、特藏库等。