秋季是栖霞山最佳观赏时间，从十月底到十一月中下旬这个时间段，适合来栖霞山游玩。栖霞山的秋景有两部分，分别是银杏和枫叶，这两种植株叶子的变化时间有所不同，也因此使栖霞山的风景更为独特，秋景持续的时间也比较长。

十月下旬，主要观赏的是银杏，此时银杏叶开始转黄，配上景区内青石板地，红墙面，别有一番景致。在十一月中下旬，此时枫叶开始大面积变红，与之前的黄叶交相辉映，远远望去层林尽染，枫红漫山遍野，具有层次感。

栖霞山自明代以来就有“秋栖霞”之说，“栖霞丹枫”为金陵新四十景之一，栖霞红叶种类很多，尤以枫香为主，每到深秋，山中漫山红遍，犹如晚霞栖落，蔚为壮观。山西侧称枫岭，有成片的枫树，每到深秋，满山红遍。

栖霞山还有若干自然奇观，饶有情趣。如栖霞寺东北，平山头的南坡上有一处青灰色岩石，表面呈波浪状，人称“迭浪岩”，十分罕见。此外还有“青锋剑”、”天开岩”、“一线天”等大自然鬼斧神工的奇观，足以吸引四方游人。